石河子大学是双一流的。
内地承认石河子大学。石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”(一省一校)入选高校。2017年学校入选国家“双一流”建设一流学科建设高校，2018年入选“部省合建”高校，纳入教育部直属高校排序。
1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校(1978年发展为石河子医学院)，成为石河子大学的前身。 1958年，兵团党委创办兵团农学院(1979年改名石河子农学院)，1959年创办了兵团会计培训队(1987年发展为兵团经济专科学校)，1960年创建了兵团师范专科学校(1983年成立兵团教育学院)。 1996年，石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校和兵团师范专科学校合并组建石河子大学。 2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。 2004年，入选省部共建高校。
过去，高校安排分省招生计划，有些省份可能会安排在一批次录取，有些省份或许安排在二批次录取。不论安排在那个批次招生，只是高考招生录取规则的设置，并不是学校本身存在一本、二本之分。普通人观念里第一批次招生的就是一本院校，第二批次招生的就是二本院校。在网络不太发达的时代，人们对院校层次进行这样粗略的划分和定义，有其合理之处。
