东南大学是有3个校区的。
南京东南大学有3个校区，四牌楼校区：南京的中心玄武区。该校区为继续教育和科学技术研究基地。丁家桥校区：鼓楼区。该校区为医学学科教育科研基地和东南大学附属中大医院所在地。九龙湖校区：江宁经济技术开发区南部。2006年夏季起，东南大学主教学区迁至东南大学九龙湖校区。
东南大学肇始于1902年创建的三江师范学堂，历两江师范学堂、南京高等师范学校，1921年国立东南大学建立，1928年定名国立中央大学。1952年高校院系调整，学校文理等科迁出，在国立中央大学本部原址以原中央大学规模最大的工学院为主体，并入复旦大学等校有关系科，建立南京工学院。1988年恢复东南大学校名，向综合性大学转变。2000年与原南京铁道医学院、南京交通高等专科学校、南京地质学校合并组建新的东南大学。
截至2023年3月，学校建有四牌楼、九龙湖(主校区)、丁家桥等校区，总占地面积5888亩;设有34个院系，开设87个本科专业;拥有39个一级学科博士点、50个一级学科硕士点;有12个学科入选第二轮“双一流”建设学科名单、5个学科在第四轮学科评估中获得A+;有全日制在校生38419人，其中本科生16785人，研究生21634人，在校留学生1994人;有专任教师3300人，其中两院院士16人。
